Σε κάθε οργανωμένη επιχείρηση το λογιστήριο αποτελείται από τμήμα μισθοδοσίας. Ενώ Το τμήμα μισθοδοσίας ασχολείται με την αποζημίωση των εργαζομένων, σε αντίθεση το τμήμα HR επιμελείται τις σχέσεις των εργαζομένων. Αν και τα δύο τμήματα έχουν διαφορετικούς ρόλους σε μια επιχείρηση, έχουν λειτουργίες που είναι θεωρούνται ιδιαίτερα σημαντικές για την επιτυχημένη πορεία της κάθε επιχείρησης. Η δημιουργία των τμημάτων HR παράλληλα με το τμήμα μειώνει τη γραφειοκρατία και επιτρέπει την εύκολη δημιουργία ενοποιημένων εκθέσεων προς την Διοίκηση.
Αναλυτικά το τμήμα μισθοδοσίας αναφέρεται στη διαδικασία με την οποία οι εργαζόμενοι λαμβάνουν το μισθό τους. Οι λειτουργίες περιλαμβάνουν την εισαγωγή και υπολογισμό των δεδομένων μισθοδοσίας, την καταχώρησή και τον υπολογισμό των φόρων., επίσης φροντίζει για τον ορθό υπολογισμό των παρακρατήσεων φόρων και την επαλήθευση της αξιοπιστίας των πληρωμών. Επίσης προβαίνει σε ελέγχους, διατηρεί τη συμμόρφωση με τους φορολογικούς νόμους και εργατικούς νόμους, καταγράφει και διατηρεί έγγραφα για νέες προσλήψεις και επεξεργάζεται υπάρχοντα αρχεία υπαλλήλων. Επίσης στον υπολογισμό μισθοδοσίας λαμβάνεται υπόψη και ο υπολογισμός των αποζημιώσεων, των μπόνους, των υπερωριών και των αμοιβών των διακοπών και δώρων.
Το τμήμα HR ως τμήμα της επιχειρησιακής δομής, στοχεύει στην συνεχή καλυτέρευση σχέσεων ανάμεσα στους εργαζομένους, συμβάλλοντας έτσι στην επιτυχία της επιχείρησης. Η πρωταρχική ευθύνη είναι η πρόσληψη νέων υπαλλήλων, και αυτό συνεπάγεται την προσέλκυση των κατάλληλων υποψηφίων για τις διαθέσιμες θέσεις. Κατόπιν διασφαλίζεται ότι οι νέοι εργαζόμενοι ανταποκρίνονται στις προσδοκίες της επιχείρησης. Επίσης το τμήμα HR είναι υπεύθυνο για την παροχή κινήτρων στους εργαζομένους και προς το σκοπό αυτό επιβραβεύει τους εργαζομένους. Επίσης φροντίζει για προγράμματα κατάρτισης και διασφαλίζει ότι οι εργαζόμενοι ακολουθούν την γενική κατεύθυνση υπενθυμίζοντας πάντοτε τους στόχους της επιχείρησης.
Πολλές δραστηριότητες του τμήματος μισθοδοσίας σχετίζονται με ζητήματα HR, έτσι ώστε και τα δυο τμήματα να συντονίζουν κοινές λειτουργίες. Αυτές περιλαμβάνουν τις προσλήψεις, τις αυξήσεις μισθών, τις καταβολές επιδομάτων, τις εκπτώσεις των παροχών, κ.λπ.. Το HR πρέπει να είναι ευαίσθητο στο χρόνο που αφιερώνεται στην επεξεργασία μισθοδοσίας επειδή, ως τμήμα που εργάζεται για τις ομαλές σχέσεις μεταξύ των εργαζομένων και θα πρέπει να αντιμετωπίσει τα ζητήματα άμεσα εάν οι πληρωμές δεν έχουν υποστεί σωστή και έγκαιρη επεξεργασία.
Και τα δυο τμήματα είναι υπεύθυνα για την τήρηση εμπιστευτικών στοιχείων των εργαζομένων, συμπεριλαμβανομένων των οικονομικών πληροφοριών, των αριθμών κοινωνικής ασφάλισης και των διευθύνσεων κατοικίας. Οφείλουν να συνεργαστούν για να εξασφαλίσουν ότι αυτές οι πληροφορίες δεν θα διαρρεύσουν σε μη εξουσιοδοτημένων ατόμων.
Οι λειτουργίες που εκτελεί το τμήμα μισθοδοσίας καλύπτονται είτε από το τμήμα οικονομικών είτε από το τμήμα ανθρώπινων πόρων στις περισσότερες επιχείρησης. Ουσιαστικά, η μισθοδοσία απαιτεί γνώση της φορολογικής & εργατικής νομοθεσίας και της λογιστικής. Έτσι, αρκετοί θεωρούν ότι πρέπει να τοποθετηθεί στο τμήμα οικονομικών.
Ταυτόχρονα, το τμήμα μισθοδοσίας θεωρείται επίσης ως συνάρτηση του HR επειδή υπολογίζει και καταβάλλει τις εν λόγω αμοιβές στο προσωπικό και κατ’ επέκταση ασχολείται με ανθρώπους. Για παράδειγμα η αμοιβή μητρότητας. Το HR είναι υπεύθυνο ότι η εταιρεία πρέπει να διατηρήσει τα δικαιώματα των εργαζομένων και να συμμορφωθεί με τους νόμους και ταυτόχρονα, ο εργαζόμενος πρέπει να λαμβάνει αποζημίωση, που είναι μια λειτουργία χρηματοδότησης, σύμφωνα με τις πολιτικές της εταιρείας.
Και τα δυο τμήματα θεωρούνται εξίσου απαραίτητα για την ομαλή λειτουργία των επιχειρήσεων καθώς ο ανθρώπινος παράγοντας και η διατήρηση ομαλής σχέσης είναι τα συστατικά για επιτυχή πορεία της κάθε επιχείρησης σε ένα οικονομικό περιβάλλον το οποίο επιδιώκει συνεχή και ανοδική πορεία των επιχειρήσεων στο εσωτερικό και στο εξωτερικό κυρίως με τις κατάλληλες εκείνες δομές που προσελκύουν επενδύσεις κάτι που επιτυγχάνεται σε αμιγώς οργανωμένες επιχειρήσεις.